Участники ГИА вправе подать апелляцию как по процедуре проведения экзаменов, так и о несогласии с полученными результатами в конфликтную комиссию (КК).

Конфликтная комиссия рассматривает апелляции:

• о нарушении установленного порядка проведения ЕГЭ по соответствующему учебному предмету;
• о несогласии с выставленными баллами.

Не рассматриваются апелляции по вопросам:

• содержания и структуры экзаменационных материалов по учебным предметам;
• связанных с нарушением самими участниками ЕГЭ требований порядка проведения государственной итоговой аттестации;
• неправильного оформления экзаменационной работы.

Конфликтная комиссия не рассматривает черновики участника ЕГЭ в качестве материалов апелляции.

Апелляция о нарушении установленного порядка проведения ЕГЭ

Данную апелляцию участник ЕГЭ подает в день проведения экзамена по соответствующему учебному предмету члену экзаменационной комиссии (ГЭК), не покидая ППЭ.
Апелляция составляется в письменной форме в двух экземплярах: один передается в КК, другой, с пометкой члена ГЭК о принятии ее на рассмотрение в КК, остается у участника ЕГЭ. Член ГЭК, принявший апелляцию, в тот же день направляет ее в КК. 
После получения апелляции о нарушении установленного порядка проведения ЕГЭ членом ГЭК в ППЭ в день проведения экзамена в целях проверки изложенных в апелляции сведений организуется проверка при участии: организаторов, не задействованных в аудитории, в которой сдавал экзамен апеллянт; технических специалистов и ассистентов; общественных наблюдателей; сотрудников, осуществляющих охрану правопорядка; медицинских работников.
КК рассматривает апелляцию о нарушении установленного порядка проведения ГИА в течение двух рабочих дней с момента ее поступления в КК.
После поступления апелляции в КК ответственный секретарь КК регистрируют ее в журнале регистрации апелляций, после чего информирует апеллянта и (или) его родителей (законных представителей) о дате, времени и месте рассмотрения апелляции. 
При рассмотрении апелляции о нарушении установленного порядка проведения ГИА КК рассматривает апелляцию и заключение о результатах проверки и выносит одно из решений: об удовлетворении апелляции либо об отклонении апелляции.
При удовлетворении апелляции результат экзамена, по процедуре которого участником ЕГЭ была подана апелляция, аннулируется и участнику ЕГЭ предоставляется возможность сдать экзамен по учебному предмету в иной день, предусмотренный едиными расписаниями проведения ЕГЭ. 
При отклонении апелляции результат апеллянта не изменяется и остается действующим.

Апелляция о несогласии с результатами ЕГЭ

Апелляция о несогласии с выставленными баллами подается в течение двух рабочих дней после официального дня объявления результатов ГИА по соответствующему учебному предмету.
Апелляция составляется в письменной форме в двух экземплярах: один передается в КК, другой, с пометкой ответственного лица о принятии ее на рассмотрение в КК, остается у апеллянта (форма 1-АП).
Обучающиеся подают апелляцию в организацию, осуществляющую образовательную деятельность, которой они были допущены в установленном порядке к ГИА.
Руководитель организации или уполномоченное им лицо, принявшее апелляцию, незамедлительно передает ее в КК.
КК рассматривает апелляцию о несогласии с выставленными баллами в течение четырех рабочих дней с момента ее поступления в КК. 
После поступления апелляции в КК ответственный секретарь КК регистрируют ее в журнале регистрации апелляций, после чего информирует апеллянта и (или) его родителей (законных представителей) о дате, времени и месте рассмотрения апелляции. Апеллянту, в случае его участия в рассмотрении апелляции, предъявляются материалы апелляционного комплекта документов и заключение экспертов предметной комиссии, после чего он письменно в соответствующем поле протокола рассмотрения апелляции подтверждает, что ему предъявлены изображения выполненной им экзаменационной работы (заполнявшихся им бланков ЕГЭ), файлы с цифровой аудиозаписью его устных ответов, копии протоколов его устных ответов. 
Апеллянт должен удостовериться в правильности распознавания информации его бланков ЕГЭ и в том, что его экзаменационная работа проверена в соответствии с установленными требованиями. 
Привлеченные эксперты во время рассмотрения апелляции в присутствии апеллянта и (или) его родителей (законных представителей) дают им соответствующие разъяснения (при необходимости). Время, рекомендуемое на разъяснения по оцениванию развернутых и (или) устных ответов одного апеллянта, не более 20 минут. 
По результатам рассмотрения апелляции о несогласии с выставленными баллами КК принимает решение:

• об отклонении апелляции и сохранении выставленных баллов (отсутствие технических ошибок и ошибок оценивания экзаменационной работы);
• об удовлетворении апелляции и изменении баллов (наличие технических ошибок и (или) ошибок оценивания экзаменационной работы).

При этом в случае удовлетворения апелляции количество ранее выставленных баллов может измениться как в сторону увеличения, так и в сторону уменьшения количества баллов.