Совет Академической гимназии является коллегиальным органом непосредственного управления Академической гимназии. В его состав входят представители администрации гимназии, представители обучающихся и их родителей (законных представителей). Председателем Совета является директор Института непрерывного образования, заместителем Председателя -  директор Академической гимназии или иной член Совета.

Совет Академической гимназии:

• рассматривает перспективные направления развития Академической гимназии;
• принимает решения по принципиальным вопросам организации учебно-воспитательного процесса в Академической гимназии;
• заслушивает отчеты директора Академической гимназии;
• рассматривает другие вопросы деятельности Академической гимназии.

Совет собирается не реже 2 раз в семестр или по требованию не менее 20% членов Совета.

Срок полномочий Совета Академической гимназии - 1 год.