Система управления в Академической гимназии обеспечивает обоснованность образовательного процесса, атмосферу дружного творческого труда, здорового морально-психологического климата, ставит в центр внимания участников образовательного процесса личность обучающегося, преподавателя, представляет для них реальную возможность реализации свободы выбора. Управляющая система гимназии работает над обновлением современной гимназической инфраструктуры в рамках программы развития с целью создания условий, обеспечивающих доступность качественного образования, осуществления постепенного перехода на модель инновационного образовательного пространства, реализует в своей деятельности принципы научности, целенаправленности, плановости, систематичности, перспективности, единства требований, оптимальности и объективности.
Административные обязанности распределены согласно уставу университета, положению об Академической гимназии, иным локальным актам университета. Грамотное распределение функциональных обязанностей обеспечивает качественное управление.
Важнейшие решения принимают органы управления университета. Положение об Академической гимназии рассматривает Ученый совет. Ректор университета утверждает локальные акты по вопросам деятельности гимназии, подписывает приказы о зачислении, билеты гимназистов и аттестаты. Проректор по образовательной деятельности и молодежной политике согласовывает наиболее важные документы по деятельности гимназии, утверждает рабочие программы учебных дисциплин и учебные планы.
Вопросы в пределах своей компетенции, касающиеся деятельности Академической гимназии, решают другие проректоры университета, а также руководители и сотрудники подразделений Тверского государственного университета. Важную роль в управлении играет Совет Академической гимназии, включающий в свой состав обучающихся, их родителей и представителей администрации. Текущие вопросы управления решает администрация Академической гимназии.
Система управления в Академической гимназии способствует мобилизации материальных, социальных, психологических и педагогических факторов обучения и воспитания. Усилия управляющей системы направлены на создание комплексных условий проведения учебно-воспитательной работы: хороших материальных условий работы и отдыха, условий для дополнительных занятий физкультурой и спортом, интеллектуально-содержательного проведения свободного времени, занятий по интересам.