Принцип построения профильных классов основан на идее двухуровневого (базового и профильного) Федерального компонента государственного стандарта. Такой принцип позволяет Академической гимназии организовать различные профили, а обучающимся выбрать профильные и элективные курсы, которые в совокупности и составляют индивидуальную образовательную траекторию.
В профильных классах профильные учебные предметы – курсы Федерального компонента повышенного уровня определяют специализацию каждого конкретного профиля обучения. Совокупность  базовых и  профильных общеобразовательных курсов определяет состав Федерального компонента учебного плана.